1950年4月中国科学院在南京设立华东办事处南京分处。

1951年2月中国科学院决定将华东办事处南京分处改建为中国科学院南京办事处。

1954年2月中科院上海、南京两办事处合并为华东办事处，7月在宁设华东办事处南京分处；

1955年2月华东办事处南京分处更名为上海办事处南京分处。

1957年2月上海办事处南京分处改建为南京办事处。

1958年4月江苏省委决定在南京办事处基础上成立中国科学院江苏分院；

1962年5月撤销江苏分院。

1966年1月，中国科学院成立中国科学院华东分院南京办事处；

1969年10月撤销南京办事处。

1978年11月，经国务院批准，恢复中国科学院南京分院；1980年元月南京分院正式成立。